การฌาปนกิจสงเคราะห์ของกระทรวงสาธารณสุข ก่อตั้งขึ้นเมื่อปี พ.ศ. 2483 โดยข้าราชการและเจ้าหน้าที่กรมอนามัย กลุ่มหนึ่งได้รวมตัวกันเพื่อช่วยเหลือกันในเรื่อง “ค่าจัดการศพและสงเคราะห์ครอบครัว” โดยใช้ชื่อว่า “การช่วยเหลือฌาปนกิจของข้าราชการกรมอนามัย”

ในระยะก่อตั้งมีสมาชิกเพียง 1,500 คนเท่านั้น และเพื่อมิให้จำกัดวงแคบเฉพาะเจ้าหน้าที่กรมอนามัย วันที่ 1 มกราคม 2498 จึงได้โอน “กิจการฌาปนกิจสงเคราะห์กรมอนามัย” มาสังกัดสำนักปลัดกระทรวงสาธารณสุขและเปลี่ยนชื่อเป็น “องค์การฌาปนกิจสงเคราะห์ของกระทรวงสาธารณสุข” ชื่อย่อว่า “อฌส” เพื่อรับสมัครข้าราชการและเจ้าหน้าที่ทุกหน่วยงานในสังกัดกระทรวงสาธารณสุขเข้าเป็นสมาชิก และในปีพ.ศ.2510 “องค์การฌาปนกิจสงเคราะห์ของกระทรวงสาธารณสุข” ได้เปลี่ยนชื่อเป็น”การฌาปนกิจสงเคราะห์ของกระทรวงสาธารณสุข” ชื่อย่อว่า “ฌกส.”